流泪送黄道周出征后，因为心有愧疚，隆武帝几乎动用了所有自己能够控制的力量，打探黄道周的消息，并及时报告给自己。
因此，隆武帝对黄道周的行踪知道的还算清楚。也可以说，隆武帝跟黄道周几乎是同喜同忧的。黄道周身陷窘境时，虽然没有奏隆武帝，隆武帝还是知道的一清二楚。
为了助黄道周脱困，隆武帝甚至冒用黄道周的名义，写了一份请求增兵益饷的紧急奏疏，亲自转交给郑芝龙，强势命令郑芝龙立即给黄道周增兵益饷。
其时，郑芝龙暗中命人在朝臣中散布的那些对黄道周的诬陷之词，早就传进了隆武帝的耳中，隆武帝不用猜也知道结果，但隆武帝不肯死心，满心希望郑芝龙能够突然良心发现。
郑芝龙当然不会突然良心发现，但是隆武帝毕竟是他现时的主子，他可以不服从命令，却不能够明着对抗，他一面假意应允，一面加紧了跟清军的勾搭。
隆武帝却是不知，而且即便隆武帝知道了，也无可奈何，但隆武帝不想因此绝望，他在暗暗地期待着。
已不知过了几日，这日，隆武帝居然犯起了迷糊，迷糊中，但见黄道周正挥舞着手中的宝剑奋勇地击杀着清兵，必是受了他的鼓舞，他后面的虽然军服尚且不一的士兵，更是勇猛无敌，直杀得清兵节节败退。
大获全胜了！士兵们沸腾起来！黄道周脸的笑，却渐渐僵硬起来，嘴里道了声“皇，老臣的任务完成了，先走了”，挥剑向自己颈项抹去……
“不要！”隆武帝大喊了一声，醒过来，竟是南柯一梦。
“这是啥征兆呢？”隆武帝以读书为乐，读过不少的书，自问着，已开始按书中所说解梦。
然而，书中只有一些支离破碎的情节的破解，没办法，隆武帝只好把这梦肢解，得到了破解后，却无法拼凑起来，不觉烦了起来，站起来原地来回踱着。
事实，隆武帝心里明白，其实也并非完全因为这些破解无法拼凑，而是他不想得到与自己期望相反的结果，而自己期望的结果无疑是不切实际的。
他苦笑着，茫然四顾，猛然见一近侍领着周之藩、熊纬两个进来了。
周之藩、熊纬两个是他所能够掌握的数千军队的统领，他记起，自己之前曾吩咐过，黄道周一旦有失，这两个必要马觐见，他要御驾亲征，去湖南。
他当然不希望这样的结果出现，心里不由一凉，静待他们近了，也不等他们行礼，已明知故问道：“黄老爱卿还是出事了？”
这近侍及周之藩、熊纬两个忙行了礼，这近侍方才道了声“是”，而后一五一十地讲了。
虽已预知了结果，他还是眼含热泪，呆呆地立着，半晌，他用衣袖抹了抹泪，面无表情地道：“朕要御驾亲征，按原计划行动，先去延平。”
博洛原本打心眼里瞧郑芝龙不起，之所以突然加快了对郑芝龙的招降步伐，竟会是因为黄道周的北伐，让之朦胧地认识到了一股强大的势力。
为此，博洛不得不放下了自己的傲慢，假意允诺了郑芝龙的所有条件，跟郑芝龙达成了协议。
郑芝龙当然也有所怀疑，但他还是按照约定撤防了福建的各关隘。
在浙江等地一路大胜，先后攻下绍兴、东阳、金华、平州的李成栋所部清军，毫不费力地就攻陷了郑鸿逵所守的仙霞关，直入福建，再陷建宁，直扑延平。
博洛强忍着心中的喜悦，大声道：“命令，另一路再兵分两路，一路前往招降郑芝龙，将之跟他的各个儿子一同挟往燕京，另一路攻打他的故乡闽南南安。
另外，有消息说，朱聿键已经离开福州，命令李成栋所部，全力追寻，务要生擒活捉之。”
隆武帝虽预感郑芝龙可能有变，却不知竟会如此快，出了福州，只管按计划行事。
又，隆武帝嗜读书，载书十车以行，行动免不了慢了些，非止一日，总算到得延平。
正歇着，率前军而行的周之藩匆匆过来道：“启禀皇，郑芝龙已降清，因其撤防了仙霞关，清军李成栋所部，轻松攻陷仙霞关，直入福建，再陷建宁，直扑延平而来。”
隆武帝大吃一惊，随即骂道：“郑贼果然负我，必不得好死。”
周之藩提醒道：“郑贼果然可恨，但清军进展神速，还请皇从速定夺。”
隆武帝命人取过地图，看了半晌，方始道：“走，咱们取道汀州去江西。”
众人想想也无他法，只得依命而行。
因为获知郑芝龙已降清，郑影等人知隆武帝大势已去，弃新城今江西黎川而逃，门户大开，清兵很快就发觉了隆武帝一行，紧紧地追了来。
负责护卫隆武帝的熊纬，迟疑再三，终于忍不住道：“启禀皇，追兵渐近，那些书明显地拖慢了咱们的行军速度，还是扔掉吧。”
隆武帝想想也是，却还是毋容置疑地道：“被清兵杀死，是个死，没有了这些书，朕也是个死，横竖都是个死，还是留着吧。”
熊纬闻言，不好再说，只得边护住了隆武帝，边督促众人加快行军速度。
行至汀州城外关帝庙，周之藩突然道：“前面发现清军，熊将军且护住皇，从速进入汀州，待周某前去引开清兵。”
说罢，也不待熊纬答应，率了人马大喊着“某家就是隆武，清狗且放马一战”，向清军冲杀了过去。
李成栋急于建功，接了博洛严令，哪敢怠慢，命各部全力追寻隆武帝。
李成栋治军甚严，生杀予夺从不含糊，遍寻不见隆武，各部早已急红了眼，闻得隆武现身，忙不迭地围了来。
周之藩一心掩护隆武帝和曾后逃走，奋勇前，自己舍身战斗，斩杀数十清兵后，脑后中箭，坠马被杀。
熊纬知自己责任重大，忙护着曾后和隆武帝进了汀州。刚进汀州，清军居然又追了来。
这又是怎么回事呢？原来，汀州虽仍为明军所控制，但防守极弱，李成栋命清兵十余人冒充明军混入汀州城，破了汀州城。
熊纬竟也不惧，督二十余人格斗，喉咙中箭而死，清兵于汀州府堂后俘获了隆武帝和曾后。
博洛闻报大喜，命将之分别塞入轿子，押往福州。
途径闽江九龙潭时，已萌死志的曾后猛然冲出轿子，哭喊了一声“皇宜殉国，妾先去了！”，投水自尽。
隆武帝几次自尽未成，绝食死于福州囚禁处，终年45岁，葬于福州罗汉岭。
隆武帝死后不久，天兴府陷落，阳曲王朱敏渡、松滋王朱演汉、翼城王朱弘橺、奉新王朱常涟遇害。
十月辛卯，漳州陷落。